در ساعات آخر، مناجات «خمسه عشر» امام سجاد عليه السلام را بر لب داشت و چون فصل مربوط به مناجات تائبين را به پايان رساند، مرغ روحش به آسمان پرواز كرد.21
جنازه شريف علامه از تهران به نجف اشرف انتقال يافت و با تشييعي باشكوه، در سرداب مخصوص جنب كتابخانه عمومي امام امير المو‌منين كه خود برآورده بود به خاك سپرده شد.22 در پي رحلت اميني، در نجف و شهرها و اماكن مختلف ايران و ديگر كشورهاي اسلامي، چنانكه شايسته او بود، از سوي علما و مراجع بزرگوار (همچون امام خميني) مجالس ترحيم و تكريم برپا گشت و شيفتگان ولايت در ماتم او عميقا به سوك نشستند.23
آيت‌الله سيد محمدتقي آل بحرالعلوم نقل مي‌كند: پس از وفات اميني پيوسته در اين فكر بودم كه علامه اميني عمرش را قرباني و فداي مولا عليه السلام ساخت. مولا در آن عالم با وي چه خواهد كرد؟ اين فكر مدت‌ها در ذهنم بود، تا اين‌كه شبي در عالم رو‌يا، ديدم گويي قيامت برپا شده و عالم حَشر است و بياباني سرشار از جمعيت، ولي مردم همه متوجه يك ساختماني هستند. پرسيدم: آنجا چه خبراست؟ گفتند: آنجا حوض كوثر است. من جلو رفتم و ديدم حوضي است و باد امواجي در آن پديد آورده و متلاطم است.
وجود مقدس علي بن ابيطالب عليهما السلام كنار حوض ايستاده‌اند و ليوان‌هاي بلوري را پر ساخته و به افرادي كه خود مي‌شناسند، مي‌دهند در اين اثنا همهمه‌اي برخاست. پرسيدم چه خبر است؟ گفتند: اميني آمد! به خود گفتم: بايستم و رفتار علي عليه السلام با اميني را به چشم ببينم، كه چگونه خواهد بود؟ 10- 12 قدم مانده بود كه اميني به حوض برسد، ديدم كه حضرت ليوان‌ها را به جاي خود گذاشتند و دو مشت خود را از آب كوثر پرساختند و چون اميني به ايشان رسيد به روي اميني پاشيدند و فرمودند:
خدا روي تو را سفيد كند، كه روي ما را سفيد كردي!
از خواب بيدار شدم و فهميدم كه علي عليه‌السلام پاداش تأ‌ليف الغدير را به مرحوم اميني داده است.
